Bei der Suche nach einem ftp-clienten, der sowohl SFTP, als auch Zeitsteuerung und nur neue Dateien erkennen kann, bin ich auf z-cron gestoßen. Dafür gibt es dieses Zusatztool:
https://www.z-cron.de/ftpcopy.html
https://www.z-dbackup.de/ftp_kommando.html
Laut Beschreibung kann man in Verbindung mit Z-Cron also auch nur neue Daten eines Verzeichnisses zeitgesteuert hochladen. Inwieweit auch Unterverzeichnisse erkannt werden geht aus der Beschreibung nicht hervor. Aber so wie ich z-cron kenne, wird das möglich sein, bzw. wird man mehrere Verzeichnisse zur Überwachung eingeben können.
Wenn jemand damit schon Erfahrungen hat - oder es ausprobieren will, wäre es bestimmt nützlich dieses dann hier mal zu posten.